菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16s rDNA片段，上机测序之后，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在99%以上就可以认为是同一个种细菌(当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标)。常规鉴定内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征;理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。
菌种鉴定方式有哪些?
常规鉴定：常规鉴定内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征;理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。
自动鉴定：BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。该系统已获美国FDA认可，已逐步应用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、制药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中。
分子生物鉴定：应用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关系，是微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。分子生物学实验室，配有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软件。采用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA(D1/D2)序列及丝状真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。
API细菌鉴定：API鉴定系统涵盖15个鉴定系列，约有1000种生化反应，已可鉴定超过600种的细菌。鉴定过程中，可根据细菌所属类群选择适当的生理生化鉴定系列，通过软件将待测细菌与数据库参比，得出鉴定结果。 CICC可应用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列对乳酸杆菌(Lactobacillus sp.)和相关细菌、芽孢杆菌(Bacillus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)和库克菌属(Locuria sp.)进行鉴定。
